A presidência de honra é exercida pelo presidente da República que nela se investe em sessão solene. Os sócios são eleitos por Assembléia Geral, nas seguintes categorias: Eméritos, Titulares, Honorários e Correspondentes, brasileiros e estrangeiros. Os Sócios Institucionais completam o Quadro Social.
O Instituto mantém, ainda, convênios de reciprocidade com a Academia Nacional de la Historia de la República Argentina, o Instituto Histórico y Geográfico del Uruguay, a Academia Portuguesa da História e a Real Academia de la Historia, da Espanha.
| Nome | Admissão | Cidade |
|---|---|---|
| Joaquim Veríssimo Serrão | 16-08-1967 | Lisboa - Portugal |
| Fernando Castelo-Branco | 11-12-1978 | Lisboa - Portugal |
| Mário Júlio Brito de Almeida Costa | 27-10-1982 | Lisboa - Portugal |
| Martim de Albuquerque | 27-10-1982 | Lisboa - Portugal |
| Vitorino Magalhães Godinho | 02-10-1985 | Lisboa - Portugal |
| Aníbal Pinto de Castro | 25-05-1988 | Coimbra - Portugal |
| Carlos da Costa Gomes Bessa | 20-09-1989 | Lisboa - Portugal |
| Pedro Mário Soares Martinez | 02-05-1990 | Lisboa - Portugal |
| Humberto Carlos Baquero Moreno | 02-09-1992 | Porto - Portugal |
| Antônio Manuel Dias Farinha | 16-12-1992 | Lisboa - Portugal |
| Antonio Pedro de Araujo Pires Vicente | 24-11-1993 | Lisboa - Portugal |
| Eugenio Francisco dos Santos | 14-12-1994 | Lisboa - Portugal |
| José Vitorino de Pina Martins | 29-11-1995 | Lisboa - Portugal |
| Justino Mendes de Almeida | 29-11-1995 | Lisboa - Portugal |
| José Jorge da Costa Couto | 13-08-1997 | Lisboa - Portugal |
| José Marques | 13-08-1997 | Porto - Portugal |
| Pe. Henrique Pinto Rema, O.F.M. | 05-07-2000 | Lisboa - Portugal |
| Fernando Guedes | 25-08-2004 | Lisboa - Portugal |
| Manuela Rosa Coelho Mendonça de Matos Fernandes | 15-12-2004 | Portela de Sacavém - Portugal |
| Miguel Monteiro | 17-10-2007 | Lisboa - Portugal |
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