A presidência de honra é exercida pelo presidente da República que nela se investe em sessão solene. Os sócios são eleitos por Assembléia Geral, nas seguintes categorias: Eméritos, Titulares, Honorários e Correspondentes, brasileiros e estrangeiros. Os Sócios Institucionais completam o Quadro Social.

O Instituto mantém, ainda, convênios de reciprocidade com a Academia Nacional de la Historia de la República Argentina, a Academia Paraguaya de la Historia, o Instituto Histórico y Geográfico del Uruguay, a Academia Portuguesa da História e a Real Academia de la Historia, da Espanha.

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